Образовательные программы

Биологические науки
Магистерская программа «Биоразнообразие» (на английском языке)
Инновационные технологии в АПК
Экология и управление природопользованием
Магистерская программа «Изучение Сибири и Арктики» 
Магистерская программа «Рекультивация и биоремедитация почв и водных объектов»

Географические науки
Геоэкология и водно-климатические ресурсы
Историческая и региональная геология
Геология полезных ископаемых

Науки о Земле (аспирантура)

Химические науки 
Химические и физические методы в экологической и криминалистической экспертизе

Исторические науки
Сибирский регион в России и мире
Сибирские исследования: история и современность
Исследования Европейского союза
Антропология и этнология
Автономная магистерская программа «Сибирь: современное развитие, культура, история»
Исторические науки и археология (аспирантура)

Филологические науки
Русский язык как иностранный
Русская литература и ее европейские связи

Науки о культуре
Культурология (аспирантура)